Gagner du temps
Votre séquence comporte peut-être des folios communs avec les séquences voisines. Vérifiez dans les transcriptions déjà faites si c'est le cas. Reprenez alors les fichiers transcrits en laissant la signature du premier transcripteur. Signalez-nous les divergences de lecture s'il y en a.

Vous pouvez gagner du temps en copiant le texte du roman édité dans l'édition numérique révisée, puis en y apportant les modifications nécessaires.
http://www.univ-rouen.fr/flaubert/bovary/bovary_6/doc0/roman.html

Dans quel ordre travailler ?
Commencer par les folios du copiste et le manuscrit définitif permet de savoir vers quoi on va.
Chacun choisira sa méthode, mais d'après notre expérience, il semble assez productif de faire une première lecture en allant "à reculons", depuis les folios du copiste jusqu'aux premiers brouillons.

À ce stade, ne vous focalisez pas sur les mots illisibles que vous signalerez simplement par des XXX. Vous trouverez peut-être la réponse à une énigme dans les brouillons qui suivent ou qui précèdent. 
Vous repartirez ensuite, pour la transcription finale, en suivant l'ordre chronologique, et en signalant cette fois tout ce qui résiste au déchiffrage par le code [illis.]

Pour naviguer à travers les différents folios, servez-vous du classement génétique établi par Marie Durel qui a été envoyé avec votre CD-Rom. Voici l'utilisation que vous pouvez en faire :

La chronologie des brouillons

Ce tableau est fondé sur une page du manuscrit définitif, marqué (D) et représenté ici en orange.
Le tableau se lit de gauche à droite, de l'état le plus ancien vers le plus récent.
À droite, dans la colonne jaune, se trouvent donc les folios du copiste (C), juste après le définitif.

La numérotation des lignes de ce folio définitif est portée aux deux extrémités du tableau. Dans l'exemple choisi, il y en a 32.
Pour suivre l'évolution de l'écriture d'un même passage, il suffit de tracer mentalement une ligne horizontale à partir des lignes du définitif.

Ainsi, une phrase qui se situe à la ligne 3 du définitif peut se retrouver dans les brouillons 166, 162, 163, 165, 164, 160, 152v, 126 et dans le copiste 370.
Si la phrase est située à la fin du folio, vous la rechercherez dans les pages 171, 168, 170, 169,167, 126 ou dans le copiste 371

Les ratures faites par Flaubert dans les derniers états du texte - le définitif et le copiste - sont particulièrement difficiles à lire. Si vous en déchiffrez quelques mots, vous pourrez parfois retrouver tout le passage en vous référant au folio qui précède directement. Ainsi, une rature à la ligne 9 du définitif a toute chance de se lire parfaitement dans le brouillon 166.
Vous pouvez alors reprendre ce passage, mais en l'entourant de deux astérisques, signe d'une lecture conjecturale.

Ajouts et corrections
Les ajouts dans les interlignes et les marges sont en italique et dans un bleu que Word appelle "foncé" (troisième petit carré en haut à partir de la droite).
Les mots barrés sont en police "barré".
Nous vous demandons de ne pas faire de feuille de style ou de feuille CSS.

Pour aller vite, transcrivez vos textes en Times 10, sans aucune autre mise en forme.
Faites ensuite d’un seul coup tous les mots barrés. Puis tous les mots en italique bleu foncé, etc.
Servez-vous pour cela de la commande "copie de mise en forme" de Word ; ça fonctionne sur le même principe qu’un copier-coller mais ça ne copie que la mise en forme et non le texte lui-même.

Voici comment faire, par exemple, pour les ratures :
1. Faites un mot barré, sélectionnez-le et tapez CTRL + Maj + C.
Sa mise en forme (times 10 + barré) est mise en mémoire dans un fichier temporaire qui restera jusqu’à ce que vous l’ayez remplacé par un autre, selon le principe du copier-coller.
2. Pour coller ensuite : sélectionnez les passages à barrer et tapez CTRL + Maj + V
(touche "majuscule" et non "verrouillage des majuscules")

De la même façon, vous pouvez en une seule commande faire des italiques bleu, ou des italiques barrés bleu, etc.