Les dictionnaires en ligne et les sites spécialisés 

Pour vérifier l'existence d'un mot peu lisible, comprendre le sens d'une expression vieillie, repérer un normandisme, les dictionnaires sont des auxiliaires précieux. L'internet en propose des centaines, des plus généralistes aux plus spécialisés.
Au premier rang de tous, le Trésor de la langue française permet des contrôles rigoureux. Grâce à ses nombreuses citations, il valide parfois certaines hypothèses de lecture en montrant que Flaubert utilisait tel ou tel mot, dans la même acception.

Les  noms propres sont difficiles à déchiffrer avec certitude. 
Pour les  toponymes, on peut interroger les sites dédiés à la généalogie qui répertorient les communes et les paroisses dont certaines sont aujourd'hui disparues, ou consulter les cartes extrêmement précises de Cassini.
Quand il crée des noms, Flaubert se sert des toponymes de Seine- Inférieure, les décompose et recompose pour donner à sa fiction l’apparence d’une réalité bien normande. Pour distinguer les lieux réels des lieux fictifs, les sites qui calculent les itinéraires sont utiles : on y vérifie par exemple que Belmesnil est bien un lieu que Charles peut atteindre depuis Tostes lors de ses consultations, mais que Barneville "près d'Aumale" est un lieu fictif.

La recherche libre sur Google 

Le plus agaçant pour le transcripteur, ce sont les mots bien écrits, à peu près lisibles mais dont on ne saisit ni le sens, ni la raison d'être dans le manuscrit. Pourquoi « ta cavale isabelle » en marge d’un après-midi d’amour à Rouen ? Pourquoi « battre l’eau » ? Que fait Homais « en riochant » ?

Une requête dans Google conduit à explorer plusieurs dictionnaires et sites dédiés à une œuvre ou un auteur. On découvre ainsi un poème de Musset, ou la dure condition des serfs au moyen âge, ou un des normandismes, presque toujours supprimés par Flaubert.
On trouve parfois l’image des objets cités, telles ces statuettes en réduction de la Vénus de Médicis et de l’Apollon du Belvédère dont on comprend mieux alors la présence dans la vitrine du coiffeur chez qui Emma va faire lisser ses bandeaux au sortir de l’hôtel de Bourgogne.

Pour les noms d’auteurs et d’œuvres, il y a presque toujours dans les profondeurs de Google l’article d’un érudit, spécialiste d'Abraham -Hyacinthe Anquetil ou de "l'illustre Cadet de Gassicourt" qui vient confirmer la justesse du déchiffrement... et la malice de Flaubert qui met en lumière avec ces auteurs de seconde zone l’inculture de Charles ou le pédantisme d’Homais.