Les incessantes retouches de Flaubert sur ses brouillons font que, même pour un spécialiste, il faut compter de trois à dix heures pour déchiffrer et saisir selon les codes appropriés un seul folio du manuscrit. Or il y en a plus de 4500 !
Aucun chercheur ne peut faire cela tout seul. Une vie n’y suffirait pas. Et où trouver l’institution capable de former une équipe de transcripteurs spécialisés et de financer ces milliers d’heures de travail ?
Sans le bénévolat, sans les appels lancés sur les listes de diffusion et relayés par la presse  et dans les revues pédagogiques spécialisées, rien n’était donc possible.
Ce recours à la réalisation collective, outre l'organisation qu'elle a nécessitée, a eu deux conséquences :

L'envers du décor : les codes HTML

L’une est purement technique et découle précisément de la multiplicité des intervenants. Sous une apparence uniforme, les fichiers – côté code – sont très différents. Selon les logiciels utilisés, la maîtrise des scripteurs dans le traitement de texte, le pays d’origine, etc., on peut arriver à 1124 lignes de code pour un folio original qui n’en compte que cinquante !
Heureusement, nous avons pu y remédier.
La simplicité et le nombre restreint des codes choisis au départ ont permis d'uniformiser tous les folios et d’obtenir des fichiers HTML normalisés et débarrassés des innombrables balises de Microsoft en les passant dans une « moulinette » conçue par l’informaticien Jean-Eudes Trouslard. Ainsi « purifiés », ils pourront ultérieurement être encodés en XML.
 

La validité scientifique des transcriptions 

L’autre question qui se pose, c’est la validité scientifique de ces documents établis par des "non-spécialistes" .
Notons d'abord qu'on ne naît pas spécialiste, on le devient.
Notons aussi que l’enthousiasme et la passion n'empêchent en rien l'exigence de rigueur.
 
♦ Nous nous sommes appuyés sur les travaux scientifiques antérieurs : le classement génétique de Marie Durel (déjà cité), la transcription des comices agricoles par Jeanne Goldin en 1984 ou de la soirée à l'opéra par Matthew MacNamara en 2003.
♦ Les transcripteurs n'ont pas été laissés seuls face à leurs problèmes.
Nous leur avons donné des consignes précises et signalé les outils de référence présents sur le net.
♦ La mise en service du moteur de recherche, au cours des relectures, a permis de s’assurer, quand un mot paraissait incertain, que Flaubert l’employait bien ailleurs dans Madame Bovary, et avec la même acception.
♦ Un dialogue s'est instauré ; il y a eu plusieurs milliers de messages échangés pour proposer une lecture de certains mots illisibles ou corriger des erreurs. Des chercheurs renommés pour leurs études flaubertiennes se sont chargés de quelques séquences ou nous ont écrit pour signaler des erreurs de lecture en nous montrant comment corriger.
♦ Les folios ont été relus par six transcripteurs chevronnés qui ont acquis au fil du temps une parfaite connaissance de l'écriture de Flaubert entre 1851 et 1856.

Nous avons conscience que sur les centaines de milliers de mots qui composent le corpus, il y aura bien des retouches à faire ! Mais cette édition électronique n'est pas figée. Nous la considérons comme une oeuvre en devenir qui se modifiera encore selon les trouvailles des lecteurs.

L'aide de l'internet